D.N.Angel đi theo chuyến phiêu lưu của Daisuke Niwa, một cậu thiếu niên 14 tuổi. Ở đầu câu chuyện, Daisuke bày tỏ tình cảm của mình với người trong mộng của mình, một cô gái tên Risa Harada, vào đúng sinh nhật lần thứ 14 của mình. Cô ấy đã từ chối, và sau đó, trái tim tan nát của cậu trải qua một sự biến đổi kì lạ mà điều đó đã biến cậu thành một con người khác. Cậu được mẹ mình, Emiko, bình thản kể về một loại gen kì lạ trong người nhà Daisuke, vì vậy mà mọi người đàn ông trong gia đình đều có được khuôn mặt của Dark Mousy, một tên trộm nổi tiếng. Sự biến biến đổi xảy ra mỗi khi Daisuke nảy sinh cảm xúc với người mình yêu hay nghĩ qua lâu về cô ấy. Dark thay đổi lại thành Daisuke cũng cùng một cách tường tự. Daisuke bị buộc phải giữ bí mật của gia đình mình và phải học cách điều khiển nhân cách khác của mình, Dark (người trong mộng của Risa, người mà Daisuke thầm yêu), trong khi phải tìm cách thoát khỏi sự truy đuổi của chi huy lực lượng cảnh sát. Điều đó cũng không giúp gì được trong việc Dark nảy sinh tình cảm với người chị em sinh đôi của Risa, Riku, và nhân cách bùng nổ của Dark luôn tìm cách nắm giữ và điều khiển cơ thể của Daisuke mỗi khi có cơ hội. Daisuke học được một điều quan trọng rằng thay vì cố trở thành một người bình thường, cậu phải nhận được sự đáp lại cho mối tình đơn phương của mình.

Người chỉ huy của lực lượng cảnh sát đã nói ở trên là một người bạn cùng lớp của Daisuke tên Satoshi Hiwatari. Hiwatari phải gánh chịu lời nguyền từ một bóng ma trộm cắp là kiếp trước của mình, và hình bóng của sợi xích giữa Daisuke và Hiwatari chính là vì họ có chung một nỗi khổ. Hiwatari mang trong mình nhân cách thứ 2 là Krad. Tuy nhiên, dù Krad và Dark rất căm ghét nhau, Hiwatari và Daisuke vẫn giữ mối quan hệ thoải mái nhưng chân thật với nhau, dù cho Dark lúc nào cũng than vãn. Dark ăn trộm những tác phẩm nghệ thuật có giá trị, tác phẩm của tổ tiên dòng học Satoshi, bởi chúng mang trong mình những pháp thuật rất nguy hiểm. Một vài trong số đó, như "The Second Hand of Time" và "Argentine", thậm chí còn có nhân cách riêng. Một số thứ mà Dark ăn trộm cũng tương đối nguy hiểm. Phương pháp ăn trộm của Dark dựa trên việc thu hút sự chú ý; trước khi ăn trộm, Emiko sẽ gửi một bức thư cảnh báo vật gì sẽ bị đánh cắp tiếp theo.